두뇌동기연구소는 인간 동기와 정서현상에 관한 근본적인 이해를 증진시키고자 하는 사명을 가지고 설립되었다. 두뇌동기연구소의 연구자들은 이러한 사명을 달성하기 위하여 특히 한국의 학령기 아동과 청소년을 대상으로 아래와 같은 목표를 추구하고 있다:

• 동기와 정서에 관한 실증적 학제간 융합연구를 수행한다.
• 다양하고 복잡한 동기와 정서 현상을 최대한 간명하게 설명할 수 있는 이론적 모형을 개발한다.
• 보다 적응적인 학습환경의 설계와 동기 증진 프로그램의 개발을 위해 과학적인 연구결과에 기초한 가이드라인을 제공한다.

두뇌동기연구소의 연구자들은 특정 연구설계나 방법에 얽매이지 않도록 의식적으로 노력하며, 언제나 주어진 연구문제에 대해 가장 좋은 답을 제시할 수 있는 연구설계와 분석방법, 또는 여러 설계 및 방법의 혼용을 활용한다. 두뇌동기연구소에서 활용하는 설계 및 방법에는 설문조사, 실험, 신경과학적 접근 및 통계적 모델링 등이 있다.

두뇌동기연구소에서 수행되는 연구는 크게 학생의 동기와 자기조절, 사회적 에이전트와 학습맥락, 자기결정성 이론에 입각한 동기와 참여, 신경교육학, 동기측정 및 모델링, 동기증진방법 및 전략, 신나고 즐거운 학교 만들기의 일곱 가지 주제로 구분된다.

두뇌동기연구소는 동기 분야에서 국제적 명성을 지닌 연구소로 발전하는 것을 궁극적인 목표로 삼고 있다. 두뇌동기연구소의 연구자들은 최첨단 학제간 연구, 활발한 학술활동, 국내외 권위있는 연구소와의 적극적인 교류 및 동기와 정서 연구를 이끌어갈 수 있는 세계적인 전문가 양성을 통해 인류 발전에 공헌하고자 한다.